1、定义上的区别
数据采集器（Bar code Hand Terminal），又称盘点机、掌上电脑。它是将条码扫描装置与数据终端一体化，带有电池可离线操作的终端电脑设备。具备实时采集、自动存储、即时显示、即时反馈、自动处理、自动传输功能。为现场数据的真实性、有效性、实时性、可用性提供了保证。其具有一体性、机动性、体积小、重量轻、高性能，并适于手持等特点。
条码扫描器，又称为条码阅读器、条码扫描枪、条形码扫描器、条形码扫描枪及条形码阅读器。它是用于读取条码所包含信息的阅读设备，利用光学原理，把条形码的内容解码后通过数据线或者无线的方式传输到电脑或者别的设备。广泛应用于超市、物流快递、图书馆等扫描商品、单据的条码。
2、工作原理区别
数据采集器为商品流通环节而设计的数据采集器或称掌上电脑，其具有一体性、机动性、体积小、重量轻、高性能,并适于手持等特点。数据采集器/盘点机是将条码扫描装置与数据终端一体化，带有电池可离线操作的终端电脑设备。
数据采集器/掌上电脑具有中央处理器(CPU),只读存储器(ROM)、可读写存储器(RAM)、键盘、屏幕显示器、与计算机接口，条码扫描器，电源等配置，手持终端可通过通讯座与计算机相连用于接收或上传数据，手持终端的运行程序是由计算机编制后下载到手持终端中，可按使用要求完成相应的功能。
条码扫描器的工作原理 条码扫描器的结构通常为以下几部分：光源、接收装置、光电转换部件、译码电路、计算机接口。条码扫描器的基本工作原理为：由光源发出的光线经过光学系统照射到条码符号上面，被反射回来的光经过光学系统成像在光电转换器上，使之产生电信号，信号经过电路放大后产生一模拟电压，它与照射到条码符号上被反射回来的光成正比，再经过滤波、整形，形成与模拟信号对应的方波信号，经译码器解释为计算机可以直接接受的数字信号。
3、功能上的区别
数据采集器本身有内存，可以在不连接电脑的情况下工作，本身就是一台小电脑，所以与电脑的距离不受限制。采集扫描所得的数据是首先存储在采集器的内存里，然后通过传输底座将数据传输上电脑实现批处理。高端的采集器有PDA类型的，不但本身功能更加丰富，而且可以实现无线局域网功能，可以与电脑实时连接。
条码扫描枪本身没有内存，只能与电脑连接后才可以工作，扫描得到的数据直接显示在电脑光标定位的地方。无线扫描器虽然可以用无线的方式与电脑连接，但是距离有限，容易丢失数据。